จุลินทรีย์ ช่วยป้องกันโรค ป้องกันแมลง ช่วยเร่งการเจริญเติบโตของพืช ถือว่ามีบทบาทสำคัญมากในการทำให้สารอินทรีย์จากซากพืชซากสัตว์ ย้อนกลับไปเป็นธาตุอาหารให้พืชใหม่

การเกษตรอินทรีย์ เรานิยมใช้จุลินทรีย์ในการปลูกผัก การบำรุงปรับปรุงดิน และยังนำมาใช้ในการทำปุ๋ยหมัก ยิ่งดินที่มีจุลินทรีย์มากการเจริญเติบโตของพืชยิ่งแข็งแรง แมลงต่างๆ จะไม่มารบกวน และช่วยทำให้ดินกลับมาสมบูรณ์อีกครั้ง